Manga
Neon Genesis Evangelion (新世紀エヴァンゲリオン, Shin Seiki Evangerion), es una adaptación al manga del anime homónimo escrita y dibujada por Yoshiyuki Sadamoto. Se trata de una narración alternativa de la historia de la serie de TV, constituyendo una continuidad separada. Comenzó en diciembre de 1994 siendo publicado por la editorial Kadokawa Shoten en su revista Shonen Ace, llegando a su fin en junio de 2013. Está compuesto por 96 capítulos o "stages" recopilados en 14 volúmenes. Aunque se publicó inicialmente antes del debut del anime con el fin de promocionarlo, con el tiempo fue rápidamente adelantado por la serie de TV y concluyó 16 años después de la película The End of Evangelion.
Shinji Ikari: En el manga, los ojos de Shinji son marrones en lugar de grises azulados. En términos de personalidad, es algo menos introvertido, pero posee un marcado odio hacia su padre, hasta el punto de que al disolverse en su EVA se imagina a sí mismo asesinándole.
En la base de NERV, Shinji se entera de los verdaderos motivos de su padre: designarlo como piloto del Evangelion Unidad 01. Shinji se niega al ver que su padre sólo quiere utilizarlo. Ante esta situación, Gendo decide utilizar a Rei Ayanami, que está gravemente herida y envuelta en vendajes.
Este acto de crueldad hace cambiar de parecer a Shinji, que finalmente decide pilotar la Unidad-01. A bordo del Evangelion, Shinji es dejado inconsciente al poco tiempo de comenzar la batalla, pero súbitamente el EVA entra en modo berserk, actúa por sí mismo y destruye al ángel.
Rei Ayanami: Es más humana en el manga, siendo más habladora y más cercana a la gente que le rodea, sobre todo a Shinji. El manga también muestra parte de sus pensamientos y sentimientos (como su relación con Shinji), algo que en el anime sólo es sugerido, Rei vive en una calle desolada de Tokio-3, en el solitario apartamento número 402. Shinji visitará dicho apartamento para entregarle una identificación, lo cual le servirá para ir relacionándose con ella muy lentamente. Este apartamento demuestra que Rei lleva una vida monótona y aislada. Además, resulta ser una representación de la habitación subterránea en la que Rei nació y se crió, según dice Ritsuko Akagi.
Asuka Langley Sohryu: La versión del manga de Asuka no es tan verbalmente abusiva ni tan cerrada como su contrapartida, pero sigue siendo difícil cohabitar con ella. Asuka presenta una imagen de "niña buena" hacia sus superiores, fachada de la que necesita deshacerse antes de mejorar en su personalidad. Así mismo, sus sentimientos hacia Shinji son más discretos. Junto a todo ello, Asuka revela que ella es una bebé de probeta, su encuentro con Shinji y sus amigos es diferente, y es dejada en coma inmediatamente después de ser atacada por Arael.
Kaworu Nagisa: es introducido antes en el manga que en el anime, lo que le permite enfrentarse a otro ángel, Armisael, al lado de Rei. Kaworu sigue siendo retratado como un desconocedor de varios aspectos de la interacción social, pero esta vez creando una suerte de alivio cómico que no existe en el anime; a pesar de ello, su presencia es más inquietante. Debido a esto, Shinji desconfía de él, y no tiene la misma relación que en el anime. Según Sadamoto, la aproximación personal de Kaworu hacia Shinji se debe a haber observado la de Rei hacia el joven Ikari.
Misato Katsuragi: Misato es la única sobreviviente de los que estuvieron allí durante tal hecho. Fue salvada por su padre, que la introdujo en una cápsula de salvamento. Debido a esto, quedó traumatizada y durante dos años padeció afasia (pérdida del habla). Tras superar la afasia alimentó un fuerte deseo de vengar a su padre y destruir a los ángeles.
Siempre lleva una cruz blanca colgada en el cuello que le dejó su padre antes de morir. Aunque Misato lo odiaba porque siempre estuvo demasiado ocupado con su trabajo para dedicarles tiempo a ella y a su madre, su sacrificio cambió su forma de verlo. De hecho, la cruz que siempre lleva le recuerda esto y cuál es su misión en la vida.
Ryoji Kaji: Posee mayor trasfondo en el manga, ya que se lo explica a Shinji en un intento de hacerle volver a NERV tras la lucha contra Bardiel. Esta conversación tiene lugar en un sótano y no en su huerto.
Según se comenta, Kaji trabaja para el Ministerio del Interior, y a veces, actúa a favor y en contra de Gendo Ikari y SEELE. Pues trajo de contrabando el embrión de Adán recuperado de la Antártida, para luego ingresar en el cuartel de NERV y entregarlo a Gendo. Este hecho es ignorado por SEELE. También investiga NERV, lo cual puede llegar a perjudicar a Gendo. Además, parece mantener motivaciones personales más allá de la simple lealtad a cualquier organización, hablando con frecuencia de su deseo de "encontrar la verdad". Todo esto convierte a Kaji en un personaje muy misterioso.
Gendo Ikari: En el manga difiere enormemente del anime. Cuando entra en contacto con el campo AT de Adán, Gendo logra controlarlo, pero pierde la cordura y pasa a aspirar a convertirse en un dios.
Durante sus estudios, conoció a Yui Ikari, con quien comenzó una relación, y el profesor Kozo Fuyutsuki, con quien entabló amistad. Muchos de los que lo conocían pensaban que su relación con Yui eran debido a sus conexiones con SEELE, sin embargo, en el trascurso de la serie y de las películas se hace ver que su relación con ella era más profunda.
Yui Ikari/Unidad-01: En adición a la presencia del alma de Yui en la Unidad-01, el aspecto angélico del EVA tiene su propia personalidad, retratada como una versión sin armadura del Evangelion. Este ser se muestra a Shinji y Rei cuando están sincronizados en el EVA, e intenta atrapar a Shinji dentro de la unidad tras la batalla con Zeruel tomando la forma de Yui y aprovechándose del deseo de Shinji de reunirse con su madre. Rei es capaz de establecer un puente mental con la parte angélica desde fuera del EVA y los dos se reconocen como conectados el uno al otro.